COVID'deki mutasyonlar hastalığı şiddetlendirmiyor ama PCR sonuçlarını etkiliyor

İstanbul'da 4 hastadan alınan COVID-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı.

BİLİM-TEKNOLOJİ 22.06.2020, 09:50
COVID'deki mutasyonlar hastalığı şiddetlendirmiyor ama PCR sonuçlarını etkiliyor

İstanbul'da 4 hastadan alınan COVID-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı. Virüsün genetik mutasyonlarından, Avrupa kaynaklı olduğu anlaşıldı. Bu mutasyon, hastalığın şiddetini artırmasa da PCR testlerinin duyarlılığını etkileyebiliyor. Çalışmayı yürüten Prof. Dr. Sadrettin Pençe, “Yalancı negatif sonuçların engellenmesi için PCR testlerinin periyodik olarak bu mutasyonlara göre revize edilmesi gerekli. Ayrıca İstanbul’daki bir hasta ile Kayseri’deki bir hastaya bile farklı virüs bulaşmış olabilir” dedi.

İstanbul Medeniyet Üniversitesi (İMÜ) BİLTAM Laboratuvarı ve TÜBİTAK-MAM Gen Mühendisliği Enstitüsü’nden 7 bilim insanının yaklaşık 2 ay süren çalışması sonucu, İstanbul’daki hastalardan alınan COVID-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı. İMÜ Tıp Fakültesi Öğretim Üyesi ve Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Sadrettin Pençe’nin yürüttüğü çalışma, virüsün genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının revize edilmesi ve aşı ya da ilaç geliştirilmesi gibi konulara ışık tutacak. Çalışmanın ilk sonuçlarına göre İstanbul’daki hastalardan izole edilerek genetik haritası çıkarılan virüs, Avrupa kaynaklı. Prof. Dr. Pençe, “Çalışma Mart ayında başladı. Geçtiğimiz ay ilk aşamasını tamamladık. 4 hastadan aldığımız virüsün genetik dizilemesini yaparak National Center for Biotechnology Information (NCBI) gen bankasına yükledik. Salgın başladığından beri tüm dünyadan sonuçlar yükleniyor ve karşılıklı bilgi alışverişinde bulunuluyor. Ülkelerarası mutasyon farkı olup olmadığı tespit ediliyor. Şimdiye dek yüklenmiş tüm gen haritaları ile ülkemizdeki Koronavirüs’ü karşılaştırdık ve virüslerin Avrupa kökenli olduğunu bulduk” dedi.

“ÜRETİLECEK PCR TESTLRİ BUNA GÖRE REVİZE EDİLMELİ”

Prof. Dr. Pençe, İstanbul’daki hastalardan elde edilen virüslerdeki mutasyonun, hastalık yapma şiddetine herhangi bir etkisinin olmadığını anlatarak “Bu fark şu açıdan önemli. Üretilecek yeni PCR testleri bu mutasyonlara göre revize edilmeli. Aksi taktirde yalancı negatif sonuçların önüne geçemeyiz ve bu da zincir şeklinde tedaviyi, hatta filyasyonu, dolayısıyla salgınla mücadeleyi olumsuz etkileyebilir. Ayrıca, sadece ülke ya da bölgeler arası değil; şehirlerarası bile virüs farklılık gösterebiliyor. Örneğin İstanbul'daki virüs ile Kayseri'de de bir çalışma var; oradaki virüs aynı değil. Örneğin Van'da da muhtemelen farklı bir mutasyon dizisi olacaktır. Bizim bununla ilgili de bir proje çalışmamız var yine TÜBİTAK ile birlikte. Bütün Türkiye'yi kapsayan bir Koronavirüs genom haritası çıkaracağız” şeklinde konuştu.

“MUTASYON 'N' GENİNDE, BU GENİ KULLANAN TESTLER YANLIŞ SONUÇ VERİR”

Prof. Dr. Pençe,  “Zaten şu anda binlerce mutasyon var. Bunun fonksiyonel analizini yapmak gerekiyor. Bu da hastalığın şiddetinde herhangi bir değişikliğe neden olup olmadığını tespit etmek anlamına geliyor. Virüs genomundaki bu farklı dizilim hastalığın kliniğini etkilemese de bu dizilimi kullanan tanı kitlerinin sonuçlarını etkiler. Dolayısıyla değişik bölgelerdeki hastalardan alınan virüs düzenli aralıklarla taranmalı ve PCR testleri de belirlenen bu mutasyonlara göre yeniden düzenlenmeli. Kovid-19’da iki tanı aracı var. Biri antijen-antikor tanı kitleri, diğeri de genetik tabanlı tanı kitleri, yani PCR testleri. Bizim tespitlerimizde, N geninde mutasyon bulduk. Eğer tanı kiti bu, N geni üzerinden çalışıyorsa, Türkiye'de doğru sonuç alamazsınız demek olur” dedi.

“YANLIŞ PCR SONUCU SALGINLA MÜCADELEYİ TOPTAN ETKİLEYEBİLİR”

PCR testlerinin yanlış sonuç verebilmesinin, tüm dünyada tartışılan bir konu olduğuna değinen Prof. Dr. Pençe şunları vurguladı: “Bakıyorsunuz hasta ön tanı olarak Kovid pozitif, hastanede tedavi görüyor ancak PCR testi negatif çıkıyor. Çin, İngiltere, İtalya, Almanya, ABD, dünyanın her yerinden pekçok makale var bununla ilgili. Nedenleri hala tartışılıyor. Nedenler arasında dört etken konuşuluyor; uygun sürüntü alınmıyor, sürüntü uygun şekilde taşınmıyor, RNA izolasyonu uygun yapılmıyor veya bu testler emin ellerde çalışılmıyor. Biz bu çalışmamız ile bunlara beşincisini ekliyoruz ve diyoruz ki PCR tanı kitleri virüsteki bu mutasyonlara göre düzenli olarak revize edilmezse, pozitif bir hastanın sonucu negatif çıkabilir. Bunun için de birkaç ayda bir, düzenli bir şekilde virüsün genetik diziliminin yapılması lazım. Hatta ülkemizin çeşitli bölgelerinden, örneğin İstanbul'dan, Erzurum'dan, Gaziantep'ten, Koronavirüs genleri dizilenip oradan çıkacak mutasyonlar dikkate alınarak PCR kitleri dizayn edilmeli.”

“D614G MUTASYONU TÜRKİYE’DEKİ VİRÜSÜ DAHA ÖLÜMCÜL YAPMADI”

Çalışmanın bir diğer aşamasının da hastalığın neden herkeste farklı etki gösterdiğinin tespit edilmesi olduğunun altını çizen Prof. Dr. Sadrettin Pençe, sözlerini şöyle tamamladı: “Koronavirüs niçin bir kısım insanda semptom oluşturuyor, bir kısım insanı entübe ettiriyor, bir kısım insanı yoğun bakımda yatırıyor, bir kısım insanda da hiç semptom oluşturmuyor? Bunun cevabını aramak istiyoruz. Yine bu günlerde dünya gündeminde de tartışılan konulardan biri de D614g mutasyonu. Amerika ve Avrupa’da bu mutasyonun görüldüğü ülkelerde hastalığın daha ölümcül seyrettiği yönünde tartışmalar var. Ancak bu da tam olarak doğruyu yansıtmıyor çünkü sayısal biyoloji kullanılarak yapılan bir modelleme çalışmasının sonucu bu. Bu genetik dizilim yeni ortaya çıkmış değil. İlk makale 26 Ocak'ta yayınlandı. Daha sonra da birçok çalışmada bu mutasyon görüldü. Ama bu son tartışmalar, yeni bir makalede bu mutasyonun, virüsün virulansında (hastalık şiddeti) artmaya neden olduğunu söylüyorlar. Oysa biz de aynı dizilimi tespit ettik. İzlediğimiz 4 hastanın virüsünde de bu mutasyonlar mevcuttu. Ama hastalık yapma şiddetinde herhangi bir değişiklik olmadığını gördük. Mutasyon tek başına bir şey ifade etmez, bir mutasyonun fonksiyonel analizi önemlidir. Bu da klinikteki sonuçlarını tespit etmek anlamına gelir. Biz önce fonksiyonel modelleme yapıyoruz daha sonra klinik sonuçlarıyla bunu karşılaştırıyoruz. Bizim karşılaştırmamızda böyle bir etki yok.”

Yorumlar (0)
19°
açık
Namaz Vakti 15 Temmuz 2020
İmsak 03:43
Güneş 05:37
Öğle 13:15
İkindi 17:13
Akşam 20:43
Yatsı 22:29
Puan Durumu
Takımlar O P
1. Başakşehir 32 66
2. Trabzonspor 32 62
3. Sivasspor 32 57
4. Beşiktaş 32 56
5. Galatasaray 32 52
6. Alanyaspor 32 51
7. Fenerbahçe 32 50
8. Gaziantep FK 32 42
9. Antalyaspor 32 41
10. Göztepe 32 39
11. Kasımpaşa 32 39
12. Gençlerbirliği 32 36
13. Denizlispor 32 35
14. Konyaspor 32 33
15. Malatyaspor 32 32
16. Çaykur Rizespor 32 32
17. Kayserispor 32 32
18. Ankaragücü 32 29
Takımlar O P
1. Hatayspor 33 63
2. Erzurum BB 33 59
3. Adana Demirspor 33 58
4. Akhisar Bld.Spor 33 57
5. Bursaspor 33 56
6. Fatih Karagümrük 33 53
7. Altay 33 51
8. Keçiörengücü 33 47
9. Ümraniye 33 44
10. Giresunspor 33 44
11. Menemen Belediyespor 33 43
12. İstanbulspor 33 40
13. Balıkesirspor 33 38
14. Altınordu 33 36
15. Boluspor 33 30
16. Osmanlıspor 33 27
17. Adanaspor 33 21
18. Eskişehirspor 33 12
Takımlar O P
1. Liverpool 35 93
2. Man City 35 72
3. Chelsea 35 60
4. Leicester City 35 59
5. M. United 34 58
6. Wolverhampton 35 55
7. Sheffield United 35 54
8. Tottenham 35 52
9. Arsenal 35 50
10. Burnley 35 50
11. Everton 35 45
12. Southampton 34 44
13. Newcastle 35 43
14. Crystal Palace 35 42
15. Brighton 35 36
16. West Ham 35 34
17. Watford 35 34
18. Bournemouth 35 31
19. Aston Villa 35 30
20. Norwich City 35 21
Takımlar O P
1. Real Madrid 35 80
2. Barcelona 36 79
3. Atletico Madrid 36 66
4. Sevilla 36 66
5. Villarreal 36 57
6. Getafe 36 54
7. Real Sociedad 36 54
8. Athletic Bilbao 36 51
9. Valencia 36 50
10. Granada 35 50
11. Osasuna 36 48
12. Levante 36 43
13. Real Betis 36 41
14. Real Valladolid 36 39
15. Eibar 36 39
16. Celta de Vigo 36 36
17. Deportivo Alaves 36 36
18. Leganés 36 32
19. Mallorca 36 32
20. Espanyol 36 24

Gelişmelerden Haberdar Olun

@